« Femmes de Science de l’USMB » – Agnès Bouchez, chercheuse au CARRTEL

Publié le ven 1 Mar 2019

Agnès Bouchez, Directrice de recherche INRA au Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Écosystèmes Limnique (CARRTEL), spécialiste en écologie des milieux aquatiques

Le parcours de recherche d’Agnès commence à l’Institut national de la recherche agronomique (INRA) en 1984, lorsqu’elle décroche un diplôme d’ingénieur en agronomie et une spécialité en amélioration des plantes. Ce n’est qu’après un doctorat à Toulouse et plusieurs années de recherche sur la génétique du maïs en région parisienne, puis en Picardie, qu’elle arrive presque « par hasard » à l’écologie aquatique.

C’est alors un changement radical de vision de la nature : passer d’un objectif d’optimisation du vivant à visée agronomique et nutritionnelle, à un objectif de préservation de l’environnement par l’observation et la compréhension de son fonctionnement naturel ! Si le changement la séduit rapidement, il nécessite cependant une mise à jour des connaissances, ce qui sera fait en suivant en 2004 les cours du Master 2 d’écologie microbienne de l’Université Claude Bernard Lyon 1.

Installée depuis au CARRTEL à Thonon-les-Bains, sur les bords du Léman, Agnès ne quitte plus les milieux aquatiques du regard. Forte de son expérience en recherche, de compétences en génétique et biologie moléculaire, elle s’intéresse désormais aux micro-organismes, micro-algues et bactéries qui peuplent les milieux aquatiques et sont essentiels à leur bon fonctionnement. Ces organismes permettent de traquer les impacts des différents facteurs de pression qui s’exercent sur ces écosystèmes et risquent de les dégrader, comme les apports en nutriments, pesticides, médicaments ou encore les changements climatiques. Les communautés de micro-organismes présentes dans la colonne d’eau, dans les sédiments, ou dans les biofilms à l’interface eau-sédiment, présentent une très grande biodiversité qui peut être captée directement via leur ADN.

Agnès développe avec ses collègues de l’INRA des approches de métagénomique permettant de faciliter l’évaluation de cette biodiversité par rapport à l’approche classique reposant sur l’observation en microscopie. La présence d’experts en taxonomie à l’INRA est un élément indispensable à ce travail, en particulier l’expertise de son collègue Frédéric Rimet sur les micro-algues. Elle met ces outils au service de surveillance de la qualité des milieux aquatiques, notamment nos grands lacs alpins et les cours d’eau de leurs bassin-versants. En effet, les modifications de la composition des communautés reflètent les modifications de leur habitat, révélant ainsi les pressions qui s’y exercent. Les développements se sont appuyés depuis sur 4 thèses qu’elle a encadrées depuis 2009, et l’ont conduit à co-animer le réseau européen DNAqua-Net qui rassemble plus de 300 chercheurs européens autour du développement de nouveaux outils génétiques pour la bio-surveillance des écosystèmes aquatiques.

Agnès participe également à des réseaux scientifiques comme le réseau ECOTOX de l’INRA ou la Zone Atelier Bassin du Rhône. Elle apprécie particulièrement ce travail de développement à l’interface entre science et société, en témoigne les actions de sensibilisation menées auprès du grand public ou des gestionnaires de l’environnement.

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