{"id":63043,"date":"2019-06-04T17:35:18","date_gmt":"2019-06-04T15:35:18","guid":{"rendered":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/?p=63043"},"modified":"2020-11-10T12:44:07","modified_gmt":"2020-11-10T11:44:07","slug":"preservation-des-ecosystemes-aquatiques-du-leman-et-des-rivieres-transfrontalieres-le-carrtel-implique-dans-une-approche-innovante","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/2019\/06\/04\/preservation-des-ecosystemes-aquatiques-du-leman-et-des-rivieres-transfrontalieres-le-carrtel-implique-dans-une-approche-innovante\/","title":{"rendered":"Pr\u00e9servation des \u00e9cosyst\u00e8mes aquatiques du L\u00e9man et des rivi\u00e8res transfrontali\u00e8res :  le CARRTEL impliqu\u00e9 dans une approche innovante"},"content":{"rendered":"<p>Les cours d\u2019eaux et les lacs jouent un r\u00f4le fondamental dans l\u2019environnement, non seulement en fournissant un habitat \u00e0 la faune et \u00e0 la flore, mais \u00e9galement en am\u00e9liorant le paysage et la qualit\u00e9 de vie. Pour appuyer les actions de pr\u00e9servation des zones aquatiques, le projet <a href=\"https:\/\/www.interreg-francesuisse.eu\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Interreg France-Suisse<\/a> SYNAQUA (SYNergie transfrontali\u00e8re pour la bio-surveillance et la pr\u00e9servation des \u00e9cosyst\u00e8mes AQUAtiques), port\u00e9 par l&rsquo;<a href=\"http:\/\/www.inra.fr\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Institut National Recherche Agronomique<\/a> (INRA) avec le <a href=\"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-content\/uploads\/2018\/03\/carrtel_universite_savoie_mont_blanc.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Centre Alpin de Recherche sur les R\u00e9seaux Trophiques des \u00c9cosyst\u00e8mes Limnique<\/a> (CARRTEL, INRA &#8211; Universit\u00e9 Savoie Mont Blanc) et\u00a0 l&rsquo;<a href=\"https:\/\/www.unige.ch\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Universit\u00e9 de Gen\u00e8ve<\/a> (UNIGE), propose d\u2019utiliser des outils \u00e9cog\u00e9nomiques pour la bio-surveillance.<\/p>\n<h2>Une vid\u00e9o pour expliquer le projet Synaqua<\/h2>\n<p>Pour r\u00e9pondre aux besoins de gestion et de contr\u00f4le des ressources aquatiques du L\u00e9man, le projet d\u00e9veloppe une nouvelle m\u00e9thode d\u2019\u00e9cog\u00e9nomique, destin\u00e9e \u00e0 \u00e9valuer la qualit\u00e9 des milieux aquatiques. Les acteurs impliqu\u00e9s mutualisent leurs savoir-faire respectifs pour tester l\u2019opportunit\u00e9 de cette technologie de bio-surveillance.<\/p>\n<p>L\u2019approche est bas\u00e9e sur une reconnaissance par leur ADN, d\u2019organismes bio-indicateurs pr\u00e9sents dans l\u2019environnement aquatique, comme les diatom\u00e9es ou les oligoch\u00e8tes. Cette m\u00e9thode d\u2019analyse de l\u2019ADN environnemental est d\u00e9velopp\u00e9e par les chercheurs fran\u00e7ais et suisses en collaboration avec les professionnels des services publics et priv\u00e9s. Elle permet d\u2019\u00e9laborer des outils robustes et fiables et d\u2019optimiser les pratiques courantes de bio-surveillance de l\u2019environnement.<\/p>\n<p><iframe title=\"SYNAQUA\" width=\"960\" height=\"540\" src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/ryyaipWh8Es?feature=oembed\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<p><em>Le projet Synaqua (2017-2019) mis au point par un consortium de 7 partenaires institutionnels et priv\u00e9s suisses et fran\u00e7ais b\u00e9n\u00e9ficie d\u2019un financement europ\u00e9en FEDER et de subventions f\u00e9d\u00e9rales et cantonales suisses.<br \/>\n<\/em><\/p>\n<h2>Concevoir un outil de bio-surveillance des zones c\u00f4ti\u00e8res du Lac L\u00e9man<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/www.univ-smb.fr\/2019\/03\/01\/femmes-de-science-de-lusmb-agnes-bouchez-chercheuse-au-carrtel\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Agn\u00e8s Bouchez<\/a>, directrice de recherche INRA au CARRTEL, cheffe de file du projet pour la France, encourage une approche pragmatique de la bio-surveillance.<\/p>\n<blockquote><p>\u00ab L\u2019approche mol\u00e9culaire permet d\u2019\u00e9valuer la qualit\u00e9 des milieux aquatiques de fa\u00e7on plus fiable et \u00e0 plus haut-d\u00e9bit. L\u2019efficacit\u00e9 des mesures de protection de l\u2019environnement repose sur le rep\u00e9rage pr\u00e9coce et pr\u00e9cis des points de pressions, rep\u00e9rage qui sera facilit\u00e9 par cette approche. \u00c0 terme, les outils de la g\u00e9nomique environnementale que nous d\u00e9veloppons au cours de ce projet devraient entrer dans le cadre r\u00e9glementaire europ\u00e9en \u00bb explique Agn\u00e8s Bouchez.<\/p><\/blockquote>\n<p>Ce projet s&rsquo;appuie sur les travaux de th\u00e8se de plusieurs doctorants du CARRTEL : Fran\u00e7ois Keck (2016), Valentin Vasselon et Kalman Tapolczai (2017). Ils ont travaill\u00e9 sur l\u2019optimisation de diff\u00e9rents aspects de la simplification des m\u00e9thodes de bioindication de la qualit\u00e9 des milieux aquatiques bas\u00e9es sur les diatom\u00e9es.<\/p>\n<p><iframe title=\"Keck Clip These\" width=\"960\" height=\"540\" src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/Rxt8oZ4kak4?feature=oembed\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<p>Jan Pawlowski, professeur \u00e0 l&rsquo;UNIGE, le chef de file du projet pour la Suisse assure que la m\u00e9thode mol\u00e9culaire rend la collecte des donn\u00e9es pour la bio-surveillance plus rapide et moins co\u00fbteuse que la m\u00e9thode traditionnelle.<\/p>\n<blockquote><p>\u00ab Le progr\u00e8s technologique permet d\u2019obtenir les s\u00e9quences d\u2019ADN de tous les organismes pr\u00e9sents dans un \u00e9chantillon environnemental et ceci pour un grand nombre d\u2019\u00e9chantillons simultan\u00e9ment. Sur la base de ces donn\u00e9es nous allons produire des indices g\u00e9n\u00e9tiques pour d\u00e9terminer la qualit\u00e9 globale des milieux aquatiques dans la r\u00e9gion l\u00e9manique \u00bb expose Jan Pawlowski.<\/p><\/blockquote>\n<p>Le projet s\u2019articule autour de quatre axes principaux :<\/p>\n<ul>\n<li>la validation de la m\u00e9thode mol\u00e9culaire,<\/li>\n<li>le d\u00e9veloppement d\u2019indicateurs standardis\u00e9s de la qualit\u00e9 de l\u2019eau bas\u00e9s sur l&rsquo; ADN,<\/li>\n<li>la sensibilisation des professionnels, des scolaires et du grand public aux avantages de la g\u00e9nomique pour la surveillance de l\u2019environnement,<\/li>\n<li>une proposition d\u2019outils innovants au service des politiques publiques de protection de l\u2019environnement.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Cette approche test\u00e9e sur les rivi\u00e8res fran\u00e7aises et suisses, ainsi que sur les zones c\u00f4ti\u00e8res du L\u00e9man, livrera aux gestionnaires de l\u2019environnement un diagnostic de qualit\u00e9 sur lequel ils pourront s\u2019appuyer pour pr\u00e9server ces \u00e9cosyst\u00e8mes r\u00e9gionaux embl\u00e9matiques.<\/p>\n<h2>Cartographier la qualit\u00e9 \u00e9cologique des rives du L\u00e9man<\/h2>\n<p>Les diatom\u00e9es, des microalgues tr\u00e8s abondantes dans les biofilms (cette mati\u00e8re glissante pr\u00e9sente \u00e0 la surface des galets) au bord du lac, sont d\u2019excellentes \u201csentinelles de l\u2019environnement\u201d : en analysant la composition des esp\u00e8ces de diatom\u00e9es pr\u00e9sentes dans les biofilms, le niveau de pollution peut \u00eatre d\u00e9termin\u00e9 avec pr\u00e9cision. Gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019approche haut-d\u00e9bit du m\u00e9tabarcoding ADN, il est possible d\u2019identifier les diatom\u00e9es rapidement. Une carte de qualit\u00e9 haut-d\u00e9bit bas\u00e9e sur l\u2019ADN des diatom\u00e9es (microalgues) des rives du L\u00e9man a ainsi \u00e9t\u00e9 produite \u00e0 partir de 156 sites qui ont \u00e9t\u00e9 \u00e9chantillonn\u00e9s au cours du projet SYNAQUA. Les communaut\u00e9s de diatom\u00e9es, d\u00e9crypt\u00e9es gr\u00e2ce \u00e0 leur ADN, ont permis de r\u00e9partir ces sites dans 3 classes de qualit\u00e9. Chacune d\u2019elles pr\u00e9sente des esp\u00e8ces de diatom\u00e9es dont les \u00e9cologies sont similaires et des caract\u00e9ristiques physico-chimiques proches.<\/p>\n<p>Ces r\u00e9sultats, obtenus gr\u00e2ce aux nouvelles approches ADN, apportent une connaissance nouvelle de la qualit\u00e9 \u00e9cologique des rives du L\u00e9man. Les gestionnaires environnementaux locaux pourront s\u2019appuyer sur ces r\u00e9sultats pour programmer de futures mesures de pr\u00e9servation ou de restauration. Cependant, bas\u00e9s sur une seule campagne d\u2019\u00e9chantillonnage, cette carte demande \u00e0 \u00eatre affin\u00e9e par des campagnes compl\u00e9mentaires.<\/p>\n<p><a href=\"\/\/\/Users\/servc\/Downloads\/carte_composition_V2-1.html\"><img decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-63055\" src=\"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-content\/uploads\/2019\/05\/synaqua_carte_diatomes.png\" alt=\"\" width=\"821\" height=\"586\" \/><\/a><em><a href=\"https:\/\/www6.inra.fr\/synaqua\/Actions\/Cartographie\/Cartographie-des-rives-du-Leman\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">D\u00e9couvrez une version interactive de cette carte<\/a><br \/>\n<\/em><\/p>\n<p>Cette carte a \u00e9t\u00e9 pr\u00e9sent\u00e9e, en avril 2019, par les scientifiques de SYNAQUA \u00e0 la <a href=\"https:\/\/www.cipel.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Commission internationale pour la protection des eaux du L\u00e9man<\/a> (CIPEL) et aux gestionnaires de milieux aquatiques franco-suisses.<\/p>\n<h2>En savoir plus<\/h2>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/www6.dijon.inrae.fr\/thonon_fre\/Actualites-du-CARRTEL\/L-ensemble-des-livrables-du-projet-SYNAQUA-est-en-ligne\">Consulter l\u2019ensemble des livrables du projet SYNAQUA<\/a><\/li>\n<li>Contact : <a href=\"mailto:agnes.bouchez@inra.fr\">Agn\u00e8s Bouchez<\/a><\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Les cours d\u2019eaux et les lacs jouent un r\u00f4le fondamental dans l\u2019environnement, non seulement en fournissant un habitat \u00e0 la faune et \u00e0 la flore, mais \u00e9galement en am\u00e9liorant le paysage et la qualit\u00e9 de [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":63677,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_seopress_robots_primary_cat":"none","_seopress_titles_title":"","_seopress_titles_desc":"","_seopress_robots_index":"","_relevanssi_hide_post":"","_relevanssi_hide_content":"","_relevanssi_pin_for_all":"","_relevanssi_pin_keywords":"","_relevanssi_unpin_keywords":"","_relevanssi_related_keywords":"","_relevanssi_related_include_ids":"","_relevanssi_related_exclude_ids":"","_relevanssi_related_no_append":"","_relevanssi_related_not_related":"","_relevanssi_related_posts":"","_relevanssi_noindex_reason":"","_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[5],"tags":[],"acf":[],"jetpack_sharing_enabled":true,"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-content\/uploads\/2019\/06\/lac-leman-mont-blanc.jpg","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/63043"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=63043"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/63043\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":94617,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/63043\/revisions\/94617"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/63677"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=63043"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=63043"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.univ-smb.fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=63043"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}